Varios organismos e institutos internacionales trabajan en la lucha contra esta patología aunque generan tantos datos que pueden generar confusión hasta en los médicos. Desde la revista internacional PLOS ONE entrevistaron a uno de los especialistas de una institución que combate esta enfermedad quien brindó información sobre el panorama actual de estos trabajos

Buenos Aires-(Nomyc)-La entrevista fue realizada a Francisco Oullette, Director Asociado de la Informática y Bioinformática del Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer (OICR). El cúmulo de información reciente proviene desde el proyecto de Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA) y del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer (ICGC).

“El piloto TCGA se inició 2006 y precede a la primera edición de la planificación ICGC reunión de trabajo, realizada en el 2007,  el ICGC per se inició en 2008” comenta el investigador sobre los comienzos de estos proyectos.

“Los objetivos generales de los dos proyectos son similares, para capturar la información genómica en los tipos de tumores de muchas maneras diferentes: con exoma o la secuenciación del genoma para determinar las mutaciones somáticas sencillos” comenta Oullette.

“El objetivo de la ICGC ha sido capturar la transcriptómica, la información genómica, epigenómico y clínica sobre 50 tipos de tumores diferentes y para cada uno de estos proyectos, recoger 500 tumores y su muestra de ADN normal correspondiente, de manera habitual a partir de sangre, excepto para las leucemias, para cada tipo de tumor y por lo que es un objetivo ambicioso de 25 mi donantes, es decir, 50 mi genomas” aclara el entrevistado.

“Cerca de  la mitad de los genomas ICGC son de los proyectos del TCGA. Si usted va al portal de datos ICGC podrás ver una lista de todos los proyectos del genoma del cáncer que han presentado datos a la fecha” explica el entrevistado.

El plan inicial para la obtención de datos para 50 tumores, se han añadido proyectos adicionales, elevando el número a 85 proyectos. ICGC Proyectos Genoma del Cáncer apoyan la caracterización de 500 casos singulares de un tipo de cáncer o subtipo. Algunos de los proyectos adicionales se centran en cánceres poco frecuentes, como las leucemias infantiles, y para estos tipos de tumores raros que sólo puede obtener 100 o 200 donantes.

 Sobre los datos que los proyectos están generando, Oullette comenta que “las secuencias genómicas para cada uno de estos tumores vienen en una de dos sabores posibles: exoma, que son las secuencias genómicas seleccionadas que codifican ARNm, y la secuencia de todo el genoma (WGS)”.

“Anticipamos que en la segunda parte del proyecto de la aguja se Retin-A cream moverá lejos de exomas y otra vez para más genomas enteros siendo secuenciado ya que se hace más asequible” expresa el entrevistado.

Los datos de acceso controlado se limitan a proteger la privacidad de los pacientes y es controlado por dos cuerpos diferentes que se encuentran bajo diferentes jurisdicciones éticos y legales: los de los conjuntos de datos ICGC no financiados por el NIH y los de los conjuntos de datos del TCGA financiados por los NIH que sólo se pueden mantener en el NIH de confianza sitios asociados de los genomas del cáncer, a saber CGHub y la Universidad de Chicago.

Un punto interesante sobre las mutaciones somáticas sencillas que son identificados y presentados en el sitio web dcc.icgc.org se calculan por cada centro genoma sometimiento individual.

Sobre cómo continúan estos proyectos Oullette sostiene que “se prevé que estos proyectos tengan una duración de 10 años, por lo que desde 2008 a 2018 y cada uno de los 50 proyectos, con una inversión de  20 millones de dólares para financiar por lo que el total es de mil millones de dólares”.

“Estos mil millones de dólares, para hacer 50 mil genomas sigue siendo una mejor relación calidad-precio que el primer genoma único que fue secuenciado por $ US1 mil millones, y la iniciativa ICGC también incluye todos los demás tipos de datos, como transcriptoma, epigenómico y los datos clínicos” aclara Oullette.

Además, se está ejecutando una iniciativa llamada el análisis del Cáncer Pan de más de 2.400 genomas enteros donde realinear todo por un procedimiento operativo estándar, se está validando un subconjunto de las «llamadas» mutaciones con datos experimentales para asegurar que las llamadas se están haciendo correctamente.

Sobre estas ultimas investigaciones Oullette explica que “estaremos publicando los resultados del análisis Pan-cáncer en el portal de datos ICGC una vez hayamos terminado ese estudio”.

Los resultados de las investigaciones pueden tardar mucho tiempo en llegar a los pacientes que necesitan y sobre cómo se traducirán estas investigaciones el pos pacientes el entrevistado comenta que “hay un problema grande y no se abordarían cuando se trata de la formación de los médicos y cómo interpretar los datos en la atención porque generic Viagra una cosa es crear datos, pero si los médicos no pueden interpretarlos y usarlos, entonces el trabajo no es muy útil”.

“La formación y la educación de los profesionales de la salud –continúa Oullette–  es más difícil en el plano internacional. Debe ser abordada a nivel nacional por lo que cada país tiene la responsabilidad de asegurarse de que esto suceda”.

“Por ejemplo –aclara el entrevistado–  un documento de un proyecto podría ser publicado en dos revistas. Por ejemplo, el papel de los datos podría ser publicado en PLOS Computational Biology, mientras que el papel médico y clínica acompañante podría ser publicado en PLoS Medicine”.

Algo que despierta la atención de quienes tienen la enfermedad o sus familiares es el futuro y sobre esto, de manera mas precisa, sobre los próximos 5 años Oullette comenta que “la genómica es cada vez más centrada de manera personalizada”.

“El ICGC está pensando en el próximo proyecto y por lo que estamos en las etapas iniciales de las discusiones, pero la siguiente fase incluirá preguntarse cómo los tumores individuales evolucionan con el tiempo y la vinculación a los ensayos clínicos y estará en una escala más grande” aclara.

“Uno de los grandes retos que hemos identificado mientras se trabaja en el proyecto del genoma Pan-cáncer es la necesidad de más infraestructura computacional: buy premarin mover a los análisis de todo el genoma se requiere más infraestructura ya que hay muchos más datos” explica.

“Hacer el análisis es bastante difícil y el tiempo que consume es mucho, por lo que  tendremos que pensar en conjuntos de datos de alojamiento y análisis en infraestructuras en la nube en lugar de múltiples lugares o la descarga de datos a escritorios individuales o incluso sus centros institucionales de computación de alto rendimiento” comenta Oullette.

Algo que destaca el entrevistado es que “los hospitales son silos en este océano de intercambio de datos, por lo que tendrán que trabajar con estos buy Levitra online proyectos y necesitaremos también que estos datos sean lo más abierto posible”.

“De manera esencial es necesario que haya más ‘globos oculares en los datos’, cuantas más personas que miran los datos, se descubrirán más elementos y tenemos que lograr que esto Purchase Retin-A without prescription sea así” sostiene el comunicador.

“Sería un gran sistema si pudiéramos tener un sistema científico de confianza para que todos los organismos que supervisan y protegen el acceso a los conjuntos de datos clínicos y genómicos se unen para clasificar a alguien como científico de confianza, lo que él o ella para acceder a todos buy Combivent online los conjuntos de datos” se entusiasma Oullette.

“Esta es la forma en que se harán más descubrimientos y cómo un proyecto como el ICGC y muchos más por venir en el futuro, puede ser de gran beneficio para la sociedad” concluye el entrevistado.

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